Посетите Дворцовую площадь

Как отнесется яндекс к ранжированию такого сайта с поддоменами, и проидёт ли индексация всех страниц без склейки?

Для этого нужно, во-первых, явно прописывать хост в robots.txt, в модуле есть нужная форма для этого. А потом мы всегда советуем своим клиентом по максимуму разделять мету и тексты на страницах сайта, благо модуль предоставляет все возможности для этого.
То есть в двух словах, используйте модуль для обработки роботса и текстов с метой и яндекс не склеит выдачу.